SCUOLEINSIEME, in coerenza con la propria mission "fornire servizi di supporto alle Scuole aderenti alla Rete salvaguardando l'autonomia facendo autonomia", ha adottato un'organizzazione flessibile, in modo da poter garantire una gestione efficace ed efficiente dell'organizzazione, il necessario supporto agli Istituti aderenti alla Rete e la perfetta integrazione dei propri Utenti con l'organizzazione della Rete stessa. In tal senso la propria struttura organizzativa è costituita da una base "fissa" ed una "flessibile", come riportato nell'organigramma qui rappresentato: la base fissa è costituita dai due primi livelli ivi rappresentati, che garantiscono tutte le attività gestionali e di impulso alle attività della Rete; la base flessibile è costituita dai Coordinatori di progetto, cioè i Dirigenti Scolastici, cui vengono affidati la progettazione o realizzazione di interi progetti o parti di essi. Figure tipiche all'interno della base flessibile, infatti, sono quelle del Responsabile di progetto e del Comitato Tecnico Scientifico cui sono affidati di volta in volta specifici incarichi a discrezione del Coordinatore di Progetto sulla base della complessità o meno dei progetti da realizzare. In linea di massima progetti complessi dal punto vista economico/finanziario o tecnico, o ancora per importanza strategica della Rete, prevedono sempre la presenza di un Comitato Tecnico Scientifico; progetti più semplici, invece, vengono affidati ad un singolo Responsabile di Progetto.